تعیین جنسبت همستر کار ساده ای نیست. به خصوص اگر آن ها کوچک باشند و یا هر دو نژاد را برای مقایسه در کنار یگدیگر نداشته باشید. تفاوت های اساسی بین جنس نر و ماده در تمامی نژاد های همستر یکسان است.
برای شناسایی جنسیت همستر خود، او را به پشت داخل دست خود نگه دارید و به قسمت شکم او دقت کنید. برای این کار می توانید دست خود را بر روی همستر فنجان کنید و به آرامی او را به پشت بچرخانید و یا همستر را از قسمت گردن بگیرید. نگه داشتن همستر در وضعیت مقداری عمودی یا نشسته به شما این امکان را می دهد که بیضه ها را در جنس نر شناسایی کرده و تشخیص دهید. روش دیگر برای شناسایی جنسیت که روش مطمئن تری است، بررسی فاصله آنوژینیتال (فاصله آلت در نرها و فاصله واژن در ماده ها تا مقعد) است. این فاصله در ماده ها بسیار کمتر از نر ها است. به گونه ای که می توان گفت این فاصله در نر ها دو برابر این فاصله در جنس ماده است.
علاوه بر این موارد، دو ویژگی ظاهری کلی نیز برای تشخیص جنسیت از سن سه هفتگی به بالا وجود دارد. مورد اول کشیده و گرد تر بودن امتداد پشت جنس نر نسبت به جنس ماده است. دیگر ویژگی این است که تنها ماده ها دارای نوک سینه هستند.
